Enkelte cykelmærker laver el-cykler med indbygget batteri. Indbygget batteri giver den fordel at batteriet er mere modstandsdygtig overfor dårligt vejr. Men også den ulempe at det på enkelte mærker er svært at skifte batteri på cyklen. Batavus og Minora er nogle af de mærker, der har gjort og gør i indbyggede batterier. På Batavus cykler er batteriet placeret i skrårøret, og har i starten været monteret så det trækkes ud under krankboksen, ved afmontering. Det er yderst svært at montere og afmontere et sådan batteri. Så senere har Batavus så udviklet et system, så det stadig er i skrårøret, men batteriet er synligt og kan nemt afmonteres “opad”.
Når cykler monteres med et indbygget batteri, bruger man et Lithium-Ion polymer batteri. Dette batteri kan ikke opladdes lige så mange gange som et almindeligt Lithium (li-ion) batteri.
Der har på et andet indlæg herinde, blevet spurgt om holdbarheden på et batteri i rammen, kontra et batteri på bagagebæret f.eks. Til det kan siges at batteriet i cykelrammen, i et vejr som i Danmark, har den fordel at det er beskyttet imod dårligt vejr. Ulempen er at teknologien gør at det ikke kan holde til lige så mange opladninger, som et batteri der er placeret bagpå cyklen.